二海堂昶（小野大辅 配音）是个性格孤僻不爱上学的不良少年，在一次逃学的路上，昶遇见了一位行事神秘的黑衣男子。男子名叫白银（诹访部顺一 配音），他告诉昶，自己和昶有着不可分割的羁绊，并和昶约定晚上十时在校舍见面。
热情、热情、对待一切都很认真的东马天治（寺岛隆人配音）、性格天真可爱的志贺裕寿（松冈正人配音，和为了治疗妹妹的疾病而转行的樱井秀吉（上田正史配音），挥汗如雨和闪闪发光的偶像故事拉开了帷幕。
茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
